L'histoire se passe dans le monde informatique "The World", un jeu en ligne très populaire. Les jumeaux Kunisaki, Lena et Shûgo, gagnent à un concours organisé par les administrateurs de "The World" deux personnages du même design que Kite et Black Rose, les légendaires . hackers (dot hackers). Dès leur première connexion, ils sont confrontés à des évènements étranges, et Shûgo se voit remettre par une mystérieuse jeune fille nommée Aura un bracelet magique, le Bracelet du Crépuscule.
Au cours de leur aventure, ils rencontrent Xefi, une petite Intelligence Artificielle égarée qui dit être la fille d'Aura. Lena et Shûgo se lancent alors à la recherche de la maman de la petite fille perdue...
